Weil ich selber immer mühsam danach suchen muss:
Bestimmte änderungen, die man in der php.ini vorgenommen hat, z.B. an safe_mode, werden von Confixx immer überschrieben.
Dann hilft, sich als Admin in Confixx einzuloggen und es dort unter Einstellungen – httpd-Spezial zu ändern.
Im Fall von safe_mode z.B. das eingeben:  php_admin_flag safe_mode off